掌理孕期衛生管理、新生兒與兒童健康篩檢暨早期療育服務、青少年保健、成人健康促進與疾病篩檢、中老年疾病防治與推廣、婦女健康促進與管理、癌症防治、菸害防制、全民健康體適能、社區健康營造、健康城市計畫、衛生所管理等業務。
掌理疫情監測、調查、訓練及醫院院內感染控制事項、規劃疫苗接種之政策及執行、社區各項傳染病及新興傳染病之防治、外勞與營職業衛生從業人員之防疫等事項。
掌理醫療（事）機構及醫事人員管理、醫療資源規劃、醫療品質促進、緊急醫療救護及醫療輔助、護理機構管理等事項。
掌理藥物及食品衛生業務輔導管理；用藥安全推廣及宣導、藥物廣告審查及食品、藥物、化粧品廣告查辦；食品製造業、販賣業及各類公共飲食場所衛生提升、各類食品抽驗及營養標示管理、食品中毒事件及校園飲食安全之處理、國民營養全面推動及各項宣導。
掌理心理健康促進、自殺防治、精神疾病防治與照護、毒品及其他物質成癮防制等業務之規劃、推展、監督、考核及個案管理等事項。
掌理施政計畫、申訴案件等管制考核，提升為民服務品質；推動衛生行銷發展、國際合作、教育訓練計畫及衛生保健志願服務業務；負責綜合規劃、資訊管理及市立聯合醫院管理及改革等業務。
檢驗科：
掌理食品、藥品、化粧品與營業水質等檢驗作業與新北市醫學實驗室之輔導與管理等業務。
掌理醫、藥、護、食品、營職業衛生、菸害防制等六大衛生職掌法規之稽查與取締；配合中央、新北市政府及檢調單位之聯合會勘；受理人民申請案、醫療機構、藥事、護理機構開歇業變更之現場履勘查核；年度專案稽查及市售食品、藥品、醫材抽驗調查；食品中毒調查處理等業務。
掌理衛生局收發文、檔案管理、出納、採購、本局及所屬財產管理(含非消耗性物品及動產不動產)、本局及衛生所工程、車輛管理等業務。
依法辦理歲計、會計及統計事項。
依法辦理人事管理事項。
依法辦理各項政風事項。